Sepertiga pasien akan mengalami kelainan ginjal, mulai dari proteinuria ringan dengan fungsi ginjal yang normal hingga sindrom nefrotik lanjut atau gagal ginjal. Kriteria klasifikasi ginjal yang telah dimodifikasi:

1. Proteinuria > 0,5 g/24 jam urin (Esbach).
2. Proteinuria +3 dengan tes dipstick.
3. Kelainan tubular atau granular atau campurannya.
4. Hematuria (> 5 leukosit/lapangan penglihatan).
5. Piuria (> 5 leukosit/lapangan penglihatan) tanpa infeksi.
6. Kreatinin serum meningkat di atas 2 mg%.
7. Biopsi memberi gambaran yang lebih jelas, tapi memerlukan peralatan dan teknik khusus 

Penatalaksanaan

Pengelolaan NL sampai sekarang masih menjadi kontroversi. Tujuan utama pengobatan adalah mencegah penyakit berkembang lebih berat. Penatalaksanaan umum meliputi:
1. Bila tidak ada kontraindikasi semua ginjal pasien dengan LES sebaiknya dibiopsi. Bila dalam perjalanan pengobatan ditemukan gejala yang menetap atau perburukan, maka biopsi dapat diulang.
2. Diet rendah garam diberikan bila ditemukan hipertensi, rendah lemak bila ada hiperlipidemia atau sindrom nefrotik, begitu juga diet rendah protein disesuaikan dengan derajat penyakitnya. Kalsium dapat diberikan untuk mengurangi efek samping osteoporosis karena steroid.
3. Berikan diuretik sesuai kebutuhan.
4. Lakukan pemeriksaan rutin periodik meliputi pemeriksaan:
o Sedimen urin
o Urin 24 jam (protein)
o Kreatinin dan klirens kreatinin.
o Serum albumin.
o C3
o Anti DNA.
Pemeriksaan diulang sesuai dengan perkembangan penyakitnya.
5. Monitor efek samping steroid, komplikasi yang terjadi selama pengobatan (infeksi, dll)
6. Hindari pemberian salisilat dan obat antiinflamasi nonsteroid karena akan memperberat fungsi ginjal
7. Atasi hipertensi dengan baik.
8. Hindari kehamilan bila NL masih aktif
9. Aspirin® hanya diberikan dengan selektif bila terdapat antifosfolipid.
10. Pengobatan NL secara umum (memenuhi kriteria ARA)
Prednison: 1 mg/kg BB/hari untuk waktu 6-12 minggu. Setelah itu, turunkan dosis secara bertahap. 

Panduan pengobatan menurut WHO berdasarkan hasil biopsi

Kelas I : Normal (jarang ditemukan)
Tidak ada pengobatan yang khusus.

Kelas II : Mesangial (IIA) tidak memerlukan pengobatan.
Pada pasien kelas IIB; dengan protein lebih 1 g, titer DNA yang tinggi, dan C3 yang rendah dapat diberikan prednison 20 mg/hari untuk waktu 6 minggu sampai 3 bulan, setelah itu turunkan dosis secara bertahap.

Kelas III : Glomerulonefritis segmental fokal dan proliferatif

Umumnya pemberian steroid digabung dengan siklofosfamid

Kelas IV: : Glomerulonefiitis difus proliferatif
Prednison: 1 mg/Kg BB/ hari untuk waktu 6-12 minggu

Kelas V : Glomerulonefritis membranosa
Umumnya tidak diberikan siklofosfamid

Kelas VI : Sklerosis lanjut dari ginjal
Stadium terminal menuju gagal ginjal total dan cangkok ginjal 

Protokol pemberian siklofosfamid

Dosis: 0,5-1 g/m2 luas permukaan badan diberikan secara bolus (per infus) tiap bulan selama 6 bulan selanjutnya tiap 3 bulan sampai 1-2 tahun kemudian atau total dosis mencapai 10 g.
 

Protokol pemberian pulse dose metil prednisolon

Dosis: 1 g, iv ( bolus ) selama 3 hari berturut-turut.
Indikasi pemberian untuk LES dengan:
1. Oliguria yang akut (gagal ginjal).
2. Lupus serebral dengan koma.
3. Lupus krisis (Acute serious SLE)